Son organisation L'O.G.E.C. est une association de type loi 1901. Il comporte un Conseil d'Administration d'une douzaine de membres, élus lors de l’Assemblée Générale et au moins trois membres de droit représentant la tutelle :
- Diocésaine ou Congréganiste,
- L'U.D.O.G.E.C.
- L'A.P.E.L. (l'association des parents d'élèves) de l'établissement.
La présence de membres de droit manifeste ainsi le lien institutionnel catholique, la cohérence de gestion et l'ouverture aux parents qui confient leurs enfants à l'établissement.
Le bureau, désigné par le Conseil, assure le bon fonctionnement de l¹association, dans le cadre des décisions prises par le Conseil, véritable organe décisionnaire de l'O.G.E.C.
Au quotidien, la délégation de gestion est donnée au Chef d'établissement. Ce dernier est associé au fonctionnement de l'O.G.E.C. et assiste à toutes les réunions.
